Eine Kommandozeile zum "sauberen" runterfahren gibt es leider nicht - es wird nichts anderes übrig bleiben, als den Timeserver abzuschiessen. (Allerdings nicht für die Installation der "Baustatik" - bei der kann der TimeServer einfach weitrlaufen: Das Problem gibt es nur bei der Installation der "älteren" Programme.)
Das abschiessen hat aber zur Folge, das er beim "nächsten" Start denkt, es würde bereits eine Kopie laufen. Um das dann loszuwerden muss der Registry-Key HKEY_LOCAL_MACHINE\Software\DIE\TimeWise\1.0\TimeServer\fLastTerminationWasClean von 0 auf 1 gesetzt werden.
Ich hoffe das hilft Ihnen weiter,
-thomas woelfer